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EHS1000 系列
凝胶浓度 要分离的片段大小范围将决定凝胶琼脂糖浓度的选择。琼脂糖的典型浓度为 0.5% 至 3.0%。对于大 DNA 片段，需要低百分比的凝胶，而对于小的 DNA 片段，建议使用高百分比的凝胶。弱凝胶（0.5% 琼脂糖）应在低温（例如 -4°C）下进行电泳。对于常规电泳，建议使用 0.75% 至 1.0% 的琼脂糖凝胶进行广泛的分离（0.15 至 15 kb）。2…通常选择 4% 琼脂糖凝胶进行 PCR 片段分辨率。如果随后必须对凝胶进行拍照，则含有低百分比琼脂糖的薄凝胶（2 至 3 mm）优于厚凝胶或高百分比凝胶。后者产生增加的不透明度和自发荧光。
电泳缓冲液 TAE 缓冲液可提供 >4 kb 长度片段的最佳分辨率，而对于 0.1 至 3 kb 片段，应选择 TBE 缓冲液。TBE 具有比 TAE 更高的缓冲能力和更低的电导率，因此应用于高压电泳。此外，在同等电压下，TBE 缓冲液产生的热量比 TAE 少，并且不允许明显的 pH 漂移。注意：由于其缓冲能力较低，应不时循环或混合 TAE 以进行全长电泳，尤其是在较高电压下。
温度影响 高压电泳会产生热量。此外，高电导率缓冲液（如 TAE）比低电导率缓冲液产生更多的热量。在电压大于 175 V 的琼脂糖凝胶电泳中应小心，因为热量积聚会产生凝胶伪影，例如 S 形迁移前沿，并且在长时间的电泳运行中，甚至会熔化琼脂糖凝胶。高压电泳时，应避免使用低熔点琼脂糖凝胶
RNA 迁移率 在电泳之前或期间，应使 RNA 变性。例如，可以用乙二醛和二甲基亚砜变性的 RNA 片段可以在中性琼脂糖凝胶上分离，或者可以在含有氢氧化甲基汞或甲醛的琼脂糖凝胶上分离 RNA。RNA 样品通常需要更长的运行时间或容易耗尽的缓冲液，因此有必要循环缓冲液。Northern 分析通常不应在小型凝胶槽上运行。
分离性能 凝胶浓度、电泳缓冲液、电压、温度、构象和溴化乙锭的存在都会影响分离结果。为了确定双链 DNA 的进展，通常将溴化乙锭 （0.5 μg/ml） 添加到电泳缓冲液中。染料的荧光特性允许在紫外灯下看到条带。然而，溴化乙锭可能会使 DNA 迁移速率减慢约 15%。作为替代方案，电泳后，可以在溴化乙锭溶液 （0.5 μg/ml H20） 中对凝胶染色 15 至 60 分钟，然后在紫外透射照明仪上观察或拍照。
