Supper Protein Wire Model 弯曲机
Supper Protein Wire Model Bender 是一种通过在单根连续长度的钢棒中放置适当的弯曲来轻松制作蛋白质分子的 α 碳骨架模型的装置。这些模型可以制成任何比例,最小约为 4 毫米/Å。在这种尺寸下,模型可以完全独立,因此不需要外来支撑网络。它们足够小,只需要很少的存储空间,并且足够坚固,可以承受频繁的处理和研究。
已经有几种很好的蛋白质模型可用,但它们都涉及将大量小块准确地连接在一起,因此构建的费用和难度限制了它们的使用。 幸运的是,弯曲机生成的简单的一体式蛋白质模型可以用于三维模型最有价值的许多功能。它们以异常清晰的方式展示了每种蛋白质的整体折叠模式,特别适用于比较一个分子内或同源蛋白质之间具有相似结构的区域。在骨架上添加配体和一些选定的侧链后,这些模型显示了酶活性位点的三维几何形状,这在生化实验的设计中通常很有用。这些骨架模型可用于教学目的,既可以作为课堂展品,也可以作为学生制作自己的蛋白质模型来学习和保存的实验室练习。由于这些模型很小并且可以快速构建,因此构建每个已知蛋白质结构的模型是可行的。
弯曲器由杜克大学的 Byron H. Rubin 和 Jane S. Richardson 开发(在美国国立卫生研究院 Grant GM 15000 的支持下)。
无花果。(1) Rubredoxin,显示铁原子及其四个半胱氨酸配体。该模型由 1/8 英寸钢棒弯曲并镀镍。它大约有 5 英寸高,比例为 4 毫米/Å。

Rubredoxin,显示铁原子及其四个半胱氨酸配体。
该模型由 1/8 英寸钢棒弯曲并镀镍。它大约有 5 英寸高,比例为 4 毫米/Å。
用于构建蛋白质 α-carbon 模型的弯曲器如下所示。该仪器由三个基本元件组成:一组两个杆夹、一个旋转砧和一个直读弯锤。通过接合移动夹具,松开固定夹具,然后将移动夹具推进到向前挡块,将固定长度的 0.125 英寸或 3 毫米钢棒送入弯曲砧座。该坐标系由沿蛋白质骨架的每个残基的距离、二面角和弯曲角组成。连续的 α 碳 Cn-1 和 Cn 之间的距离由千分尺设置决定。始终将杆固定在两个杆夹中的至少一个中,这样就可以作为固定的参考系相对于弯曲机测量二面角。如果 An’ 是 Cn-2Cn-1Cn 平面和 Cn-1CnCn+1 平面之间的局部二面角,则弯曲砧鼓刻度盘上指示的累积二面角 An 为

杆通过弯曲锤刻度盘上读取的弯曲角度 Bn 弯曲,并有少量的过冲,以允许钢棒的弹性。
为了确保仪器的使用寿命,弯曲的砧座和锤子以及其他受力部件已硬化至洛氏 45 度。
每台弯曲机在发货时都提供了说明材料。详细描述了弯曲模型的过程。包括十种蛋白质(胰岛素、红氧还蛋白、胰蛋白酶抑制剂、高电位铁蛋白、细胞色素 b5、细胞色素 C、鲤鱼肌瘤、葡萄球菌核酸酶、碳酸酐酶和乳酸脱氢酶)的弯曲角列表,并给出了截至 1972 年 5 月发表的那些蛋白质坐标集的文献参考。
无花果。(2) 核糖核酸酶 S:S 蛋白和 S 肽的骨架位于 1/8“ 钢棒中,二硫键位于 1/16” 线中。该模型是用弯曲器构建的,比例为 6mm/Å,宽约 10 英寸。

该模型是用弯曲器构建的,比例为 6mm/Å,宽约 10 英寸。